1866年、世界中の海のあちこちで、正体不明の巨大な何かが人々を驚愕させていた。クジラよりも速く泳ぎ、最も頑強な船体の底に穴をあけるほどの力を備えるというそれは、いったい何なのか。アロナックス博士は、この「怪物」を探索すべく、冒険の旅に乗り出した。だが、ネモ船長という不可解な人物に出会ってからというもの、その旅は博士の想像を超えた奇怪なものになってゆく。博士は海底に潜む新たな世界を発見するが、そこには思いもよらない驚異と危険が待ち構えていた。