オスカル・シェルは賢い9歳の少年。2001年9月11日、世界貿易センタービルへの攻撃で父親を亡くしたオスカルは、父親のクローゼットで見つけた鍵の秘密を知ろうとする。彼の探求はニューヨークを旅し、見知らぬ人々や親戚の人生へと彼を誘う。しかし、その旅は彼を失われた父に近づけるのだろうか？